Император Наполеон III тогда уполномочил его нарисовать его портрет и Императрицы. В конце года, Император попросил, чтобы он выполнил большую историческую живопись, чтобы ознаменовать его посещение жертв наводнения Tarascon.

Еще в 1856, он женился на Мэри-Нелли Monchablon, которая впоследствии родила ему пятерых детей.

С этого времени, Бугеро стал одним из молодых живописцев, о которых говорил весь Париж. Другой богатый Парижский бизнесмен, банкир Емиль Переир, в 1857 году попросил его помочь в украшении части его особняка в Святом Хоноре Fanbourg, где художник провел два года, чтобы это закончить.

Также в 1857, родился первый ребенок, Генриэтта. Бугеро жил тогда в Carnot, где у него была студия и начал преподавать собственным студентам. В 1859, он нарисовал один из его самых больших холстов, All Souls Day, который был куплен городом Бордо. Он тогда участвовал в художественном оформлении St. Louis Chapel в церкви St. Clotilde в Париже. В том же самом году он стал Кавалером Легиона Чести и отцом сына, Georges.

Вторая дочь, Джин, родилась на Рождество, 1861. Бугеро был малопроизводителен в 1862 и 1863. После этих двух лет, Бугеро стоял перед двумя проблемами: первое - он полностью изменил свою технику живописи, поскольку он трудился неуклонно, ища новые подходы в использовании цвета.

Второе - он был "вынужден неохотно" сосредоточиться на связях с общественностью, чтобы заработать доброжелательность и поддержку Академии, он только что просил во второй раз о членстве в Институте.

В 1865 ему предоставляли возможность художественного оформления потолка и tympanums концертного зала Великого Thétre Бордо. Этот проект волновал его долго, так как строительство не было закончено до 1869 и оформлялся до 1870.

Дочь Бугеро, Джин, скончалась в 1866. Это оказалось первым в ряду по-видимому бесконечных тяжелых утрат. Тот тот же самый год, он попросил, чтобы его друг и ученик, Жан Луи Паскаль составил план его собственного дома, который собирался построить, он купил место на Nortre-Dame-des-Champs. И так, в 1868, он вселился в дом со своей семьей и его матерью, как раз в период рождения их четвертого ребенка, Пола. Именно с этого времени его работы приобретают известность.

Бугеро проводил отпуск в Бретани, когда 19 июля 1870, Франция объявила войну Пруссии. Он возвратился в Париж один, оставив свою жену, Нелли, и троих детей в Concarneau. 2-ого сентября, Император сдался в Седане, но Париж отказался сдаться. Осада города началась, и Бугеро смело решил остаться.

Хотя он был освобожден от военной обязанности из-за своего возраста, он однако зарегистрировался в Garde Nationale, где он служил простым солдатом, стоящим на страже на укреплениях и освобождающим других молодых солдат на хозяйственной работе. Париж был в руинах, но к счастью, он и его собственный дом были сохранены.

Когда осада наконец была снята, он уехал в Ла-Рошель, где проживали его семья и его мать. Они все возвратились в столицу в сентябре 1871.

Бугеро использовал свое пребывание в Ла-Рошеле, чтобы создать связи с лидерами сообщества, и духовного и светского.

Также, в то время как он проживал там, он расписал декоративные элементы часовни в Virgin's соборе и знаменитый портрет в полный рост епископа, монсиньора Томаса.

В 1872, Бугеро стал иногда преподавать в Юлианской Академии, заменяя постоянно обучающих преподавателей, когда кто-нибудь из них был в отпуске.