Эти черты характера были источником небольшого количества конфликтов, с его коллегами и критиками, так же как и с различными государственными официальными лицами.

Например, следствием его негибкости такого проведения, после Всемирной Ярмарки 1889 года, привело к главной размолвке с художником, Meissonnier, и его сторонниками по деталям в инструкциях, управляющих распределением денежных средств.

Бугеро, как президент фонда поддержки художников, отчаянно защищал будущее молодых художников, борясь, чтобы поддерживать медалистов Всемирной Ярмарки.

Несмотря на быструю отставку Бугеро, после его бесплодных усилий урегулировать конфликт с инакомыслящими, эта ожесточенная конфронтация вызвала раскол и в последующем основание Société Nationale des Beaux-Arts, полностью его собственного ежегодного Салона.