В феврале 1896, мать Бугеро умерла на 92-ом году жизни. Элизабет Гарднер была из Нью-Хэмпшира, но она вышла за Вильяма в его родном округе в Ла-Рошеле, поскольку он предпочел в своем возрасте (ему был 71 год), не предпринимать длительных поездок в США. В том же году, когда курсы в Юлианской академии и академии Изящных искусств были закончены, "молодая пара" приехала в Ла-Рошель на свой "медовый" месяц.

Элизабет Гарднер-Бугеро решила мало занималась своей собственной карьерой художницы и посвятила свою жизнь мужу. Она была очень предана и была всегда на его стороне, действуя как его секретарь, ведя его корреспонденцию, бумаги и т.п.

В 1899, его сын Пол, адвокат, и офицер в запасе, заболел туберкулезом. На медицинском совете, Пол уехал в феврале в Menton на юг Франции вместе с отцом и мачехой, которая оставалась с ним до середины мая. Бугеро получил прибыль от времени, проведенном на юге, так как мог рисовать долгие часы, по-видимому без отдыха.

Пол позже поехал в По, чтобы поправиться, не возвращался в Париж до 1900, где он вскоре умер в окружении его семьи. Таким образом Бугеро был вынужден перенести ужасную трагедию - видеть смерть 4-х из его 5 детей, самые тяжелое, что могло для него быть и ни вся его власть, известность и благосостояние не смогли сделать ничего, чтобы это облегчить.

К этому времени, Бугеро был освобожден от его обязанностей, касающихся Всемирной Ярмарки 1900 года в Париже, но тем не менее он не уклонялся ни от одной из его обязанностей, и его работа помогла ему держаться. Сопровождаемый своей женой, Бугеро посетил несколько обедов и приемов, но большинство приглашений было отклонено, потому что пара была в трауре.

Потеря Пола была серьезным ударом на состояние художника и физически и на его дух. Он начал стареть очень быстро; и его дни теперь, казалось, тяготили его как никогда прежде. Кроме того, Бугеро стал объединять свою жизнь полную трудной и постоянной работы со обилием еды и выпивкой.

Худшим из всего этого было то, что он стал заядлым курильщиком. Несмотря на здравую конституцию, с ним случилось несколько серьезных кризисов здоровья после смерти Пола. В 1902 были проблемы с сердцем и первые признаки артериосклероза.

Но, были также счастливые моменты, которые успокаивали его. Картины, которые он выставил на Всемирной Ярмарке, были восторжено приняты. В его семейной жизни, его внук Вильям был принят в престижный École Polytechnique, что было источником большой гордости.